also ich nutze auch alle 4 Ports, den Lan1 im 1GBit/s-Modus, die anderen als 100MBit/s konfiguriert, seit neustem auch den "Lan4 Gastzugang" (aber da ist generell nur selten was dran). Da ich meine Rechner untereinander verbunden habe, gibt es hier schon einigen lokalen Traffic sowie natürlich Internetzugriff von allen Geräten: keine Netzwerkprobleme.
Ich kann es jetzt nicht für das neuste FritzOS sagen (und ich denke auch nicht wirklich für die letzte und auch vorletzte Fritzbox-Firmware), aber auch andere Fritz-Modelle tun sich mit dem Green-Modus schwer, bei mir war nach einigen Tagen keine Verbindung mehr möglich, wenn dieser Green-Modus aktiv war, weshlab ich das schon seit gut einem Jahr nicht mehr nutze, denn die Lösung war dann auch immer die Fritzbox rebooten um den Lan-Port zu reaktivieren.
Ich will nicht sagen, dass du alleine bist mit Reboot- und Netzwerkproblemen, aber anhand der doch seltenen Threads dazu dürfte dir doch selber klar sein, dass es kein allgemeines Problem der Box ist. Von daher, wenn es mehr als nur meckern sein soll, wirst du dein Problem schon etwas spezifizieren müssen.
Bei häufigen "automatischen" Reboots würde ich erstmal einen Werks-Reset der Box versuchen (Einstellungen kann man ja vorher sichern) und von Hand neu konfigurieren. Und da vielleicht auch erstmal nur notwendige Grundeinstellungen vornehmen und die Stabilität testen, so kann man die Ursache vielleicht eingrenzen.