TR-069 beschneidet die Privatsphäre und den Datenschutz der Endanwender. Es erlaubt dem Provider, automatische Aktualisierungen unbemerkt und ohne Zustimmung des Benutzers in DSL-Router einzuspielen. Diese können sogar zielgerichtet für bestimmte Benutzer oder Benutzergruppen eingerichtet werden. Insbesondere vor dem Hintergrund der „Online-Durchsuchungen“, von Abhörbefugnissenund ähnlichem kann das für den Benutzer gravierende Folgen haben.
Zudem ermöglicht es TR-069 auch, andere Geräte zu konfigurieren, die sich im „sicheren Bereich“ hinter der Box oder dem Modem befinden, also hinter der Firewall. Durch Fernzugriff könnten so auch Daten auf bestimmten Kundengeräten, auf die der Netzbetreiber Zugriff hat, geändert oder gelöscht werden. Durch sein Funktionsprinzip stellt TR-069 daher eine Backdoor dar, deren Existenz vielen Endkunden nicht bekannt ist und über deren Möglichkeiten sie sich nicht bewusst sind.
Auf der anderen Seite erlaubt das Protokoll dem Provider z. B. Sicherheitsupdates automatisch auf ein Gerät einzuspielen und so Sicherheitslücken auch für technisch nicht versierte Benutzer zu schließen, für die ein selbst durchgeführtes Firmwareupgrade zu kompliziert wäre.
Die TR-069-Spezifikation sieht per SSL/TLS gesicherte Verbindungen zwischen Provider und Endgerät nur als Empfehlung vor.